脈沖袋式除塵器的運轉可以分為試運轉與日常運轉兩種。首行試運轉時，對系統的單一部件進行檢查，然后做適應性運轉，并要做部分性能試驗。在日常運轉中，仍然應當進行必要的檢查，尤其是對除塵器性能的檢查。要注意主機設備負荷的變化會對除塵器性能產生的影響。在機器開動之后，應當密切的注意除塵器的工作狀況，并做好相關的記錄。
在新的除塵器試運行時，應當注意檢查一下部分：
1、風機的旋轉方向、轉速、軸承振動及溫度；
2、處理風量和各測試點壓力與溫度是否與設計相符；
3、除塵布袋的安裝情況，在使用后是否有掉袋、松口、磨損等情況發生，投運后可目測煙囪的排放情況來判斷；
4、要注意袋室結露情況是否存在，排灰系統是否暢通。防止堵塞和腐蝕發生，積灰嚴重時會影響主機的生產；
5、清灰周期及清灰時間的調整，這項工作是左右捕塵性能和運轉狀況的重要因素。清灰時間過長，將使附著粉塵層被清落掉，成為除塵布袋泄漏和破損的原因。如果清灰時間過短，除塵布袋上的粉塵尚未清落掉，就恢復過濾作業，將使阻力很快地恢復并逐漸增高起來，終影響其使用效果。